輸入通関の流れ｜申告から許可・引取りまでの手順と書類

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輸入通関とは？まず流れを先に見ておきましょう

税関の案内（カスタムスアンサー1101）では、この一連の手続を「輸入通関手続」と呼んでいます。輸出入通関のうち、日本に物を入れる側の手続です。

貨物が日本に着いてから引き取るまでの流れは、税関の案内（カスタムスアンサー1102）をもとにすると次のようになります。

ここが大事なところです。外国から着いた貨物は、輸入の手続が終わるまで保税地域に置かれます。許可が出るまでは、たとえ自分の商品でも自由に動かせないんです。

『そもそも通関って何？』というところから知りたい方は、通関とは？を先に読んでみてください。

5段階で見る、止まりやすい原因と先回りできること

『輸入通関の手順は分かったけど、どこで止まるのかが知りたい』という方も多いはずです。そこで、輸入通関を5つの段階に分けて、止まりやすい原因と輸入者が先にできることを表にしました。

この表は、税関の公開情報をもとに編集部がまとめたものです。全部の貨物がすべての段階で止まるわけではありません。

一番効くのは、1段目の書類です。書類がそろっていて中身が貨物と合っていれば、2段目以降の待ちもぐっと減ります。

通関で止まる理由をもっと詳しく知りたい時は、通関が遅いのはなぜ？も参考にしてみてください。

個人の荷物の輸入通関は、手続の進み方が違います

ここまでは会社が貨物を輸入する場合の流れです。海外通販で買った物など個人の荷物は、送り方によって手続の進み方が変わります。

課税価格の合計額が1万円以下なら、関税と消費税は免税です（カスタムスアンサー1006）。ただし革製のカバンやニットの衣類などは免税にならないので、気をつけておきましょう。

個人で使う物の手続や免税の考え方は、個人輸入の通関で詳しく見ています。

1段目：輸入通関の書類を揃える

『何の書類を用意すればいいの？』というのが、最初につまずくところですよね。税関の案内（カスタムスアンサー1107）で挙げられている書類をまとめると、次のとおりです。

それぞれの書類の中身と、品目ごとに増える書類は通関に必要な書類で詳しく見ています。

申告書に書く項目も確かめておきましょう

輸入申告では、輸入者の住所・氏名、品名・数量・価格、原産地や積出地、船舶や航空機の名前、蔵置場所などを申告します（カスタムスアンサー1106）。

令和7年10月12日からは、国内運送先、通信販売の貨物に当たるかどうか、プラットフォームの名称なども申告の項目に加わりました。通販の商品を輸入する方は、こうした情報も手元にそろえておきましょう。

他の法律の手続は、先に済ませておくのが基本です

食品や医薬品、化粧品などは、関税法とは別の法律で許可や届出が要ることがあります。これを通関の現場では「他法令」と呼んでいます。

税関の案内（カスタムスアンサー1801）では、他法令の許可などを受けて税関に証明しないと「輸入は許可されません」とされています。また、税関は他法令に当たるかどうかの照会には答えられない、とも書かれています。

例えば販売するための食品を輸入する時は、検疫所に「食品等輸入届出書」を出す必要があります。届出済の書類を税関に出してから、輸入の許可へ進む流れです。

申告から許可・引取りまでの進め方

書類がそろったら、いよいよ申告です。2段目から5段目まで、それぞれの段階で気をつけたいことを見ていきます。

2段目：輸入申告は、原則として保税地域に入れてから

輸入申告は、原則として貨物を保税地域に入れた後にします。関税法第67条の2第3項に「輸入申告は、その申告に係る貨物を保税地域等に入れた後にするものとする」とあります。

本船扱いの承認や、搬入前申告の承認、特例輸入者などの申告といった例外もあります。

『着く前に何かできることはないの？』と思いますよね。そんな時に使えるのが予備審査制です。

3段目：審査と検査は「予備審査制」で前倒しできます

予備審査制は、貨物が日本に着く前でも申告書類を税関に出して、審査を受けられる制度です（カスタムスアンサー1108）。対象は、すべての輸入貨物です。

税関からは、審査や検査の扱いについて事前に通知が来ます。通知の種類は次の3つです。

『検査に回ったら、何か悪いことをしたの？』と心配になる方もいますよね。検査は「税関の検査が必要とされる貨物」について行われるもので、検査に回ったからといって問題があるとは限りません。

税関が指定した場所で検査を受ける場合、税関に納める手数料などはかかりません（カスタムスアンサー1112）。

ただし、検査のための運送や、開けて詰め直す費用は輸入者などの負担です。検査に回った時の費用も、あらかじめ見込んでおくと安心です。

4段目：税金を納める

税関は原則として、輸入者が関税などを納めたことを確かめてから輸入を許可します。税額は、課税価格・関税・消費税と地方消費税の順に計算していきます。

計算の流れは通関でかかる関税と消費税で3段の表にしています。MPNやダイレクト方式で納めると、納付と同時に輸入が許可されます（カスタムスアンサー1301）。

5段目：輸入許可書を見せて引き取る

許可が出ると、輸入許可書が交付されます。税関の案内では「この輸入許可書を保税地域の担当者に示すことにより、貨物を保税地域から国内に引き取ることができます」とされています。

AEOの特例輸入者なら、さらに早くなります

税関から承認を受けた特例輸入者（AEO輸入者）は、輸入申告と納税申告を分けて、納税申告の前に貨物を引き取れます（カスタムスアンサー1901）。継続して輸入する会社なら、こうした制度があることも知っておきましょう。

輸入通関でよくある相談に答えます

ここでは、ネットのQ&Aサイトで閲覧の多かった輸入通関の相談を要約し、税関の公開情報をもとに答えます。

「輸入通関異常あり」と出て止まった。放っておけば届く？

『このまま待っていればいいのかな』と迷いますよね。結論から言うと、放っておくより、配送を担当する事業者に一度問い合わせる方が早く解決しやすいです。

通関で止まる時は、書類の中身が足りない、税関の検査に回った、税金の確認待ち、などの理由が考えられます。追跡番号と注文の内容が分かる画面を用意して聞いてみてください。

仕入書と船荷証券で、会社名が違うけれど通関できる？

会社の輸入でよく出てくる相談です。取引の流れによっては、売手と実際に荷物を出す会社が違うこともあります。

大事なのは、なぜ違うのかを書類で説明できることです。申告の前に、取引の契約書などと一緒に通関業者に見てもらい、どう申告するかを相談しておきましょう。

DAPの仕入書なのに、課税価格はどう考えればいい？

課税価格は、実際に支払う価格に、含まれていない輸入港に着くまでの運賃や保険料などを足して計算するのが原則です（カスタムスアンサー1403）。

DAPのように売手が運送の費用を負担する条件では、仕入書の価格に運賃が含まれていることがあります。運賃の内訳を売手から手に入れて、課税価格の扱いを通関業者や税関に確かめておきましょう。取引条件の考え方はインコタームズと輸入通関で見ています。

輸入通関は自分でする？通関業者に頼む？

輸入申告は、貨物を輸入しようとする人が自分ですることができます。一方で、財務大臣の許可を受けた通関業者に代わりに頼むこともできます。

初めての輸入や、品目や書類が複雑な時は、通関業者に頼む方が安心な場面が多いです。依頼先を選ぶ時のポイントは通関業者とは？でまとめています。

輸出の手続との違いを知りたい方は、輸出通関の流れも合わせて読んでみてください。

輸入通関の知識を仕事にするなら

輸入通関の流れを追っていくと、申告書を作って審査する仕事に興味がわく方もいるかもしれません。通関の知識を仕事にしたい人には、国家資格の通関士という道があります。

第60回（令和8年）の通関士試験では、通関実務の科目にNACCSを使う輸入申告の問題が1問出されました。仕事の中身は通関士とは？で詳しく見られます。

よくある質問

まとめ

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